Metode utama yang diterapkan adalah memberikan Edukasi Sanitasi Total yang mendalam mengenai pentingnya perubahan perilaku secara massal. Fokusnya bukan hanya pada pembangunan fisik jamban, tetapi pada pemahaman mengapa sanitasi itu penting bagi masa depan anak-anak mereka. Pakar kesehatan lingkungan di Bengkulu menyadari bahwa bantuan fasilitas fisik seringkali tidak berumur panjang jika tidak dibarengi dengan perubahan pola pikir. Oleh karena itu, proses pemicuan dilakukan untuk membangkitkan rasa butuh akan lingkungan yang bersih, sehingga masyarakat tergerak untuk membangun fasilitas sanitasinya sendiri secara swadaya.
Program unggulan yang diusung adalah Sanitasi Total Berbasis Masyarakat (STBM), yang mencakup lima pilar utama: stop buang air besar sembarangan, cuci tangan pakai sabun, pengelolaan air minum dan makanan rumah tangga, pengamanan sampah rumah tangga, serta pengamanan limbah cair rumah tangga. HAKLI Bengkulu bekerja sama dengan puskesmas-puskesmas di seluruh kabupaten untuk melakukan pendampingan kepada kader-kader desa. Melalui pendekatan STBM ini, masyarakat diajak untuk melihat kaitan langsung antara lingkungan yang kotor dengan tingginya angka kesakitan, terutama pada balita yang rentan terhadap penyakit diare dan infeksi cacingan.
Keberhasilan program di Bengkulu sangat bergantung pada keterlibatan aktif tokoh masyarakat dan pemuka agama. HAKLI memberikan pembekalan kepada para pemimpin lokal agar mereka dapat menjadi teladan dalam menjaga kebersihan lingkungan di wilayahnya masing-masing. Di banyak desa, gerakan ini telah memicu lahirnya peraturan desa mengenai larangan buang air sembarangan di sungai, yang dibarengi dengan sanksi sosial maupun administratif. Perubahan perilaku yang lahir dari kesadaran komunitas ini jauh lebih kuat dan berkelanjutan dibandingkan dengan instruksi yang bersifat top-down dari pemerintah.
Selain aspek kesehatan, STBM juga memiliki dampak signifikan terhadap peningkatan ekonomi keluarga. Dengan berkurangnya angka kesakitan, biaya yang harus dikeluarkan keluarga untuk pengobatan dapat dialokasikan untuk kebutuhan pendidikan atau pemenuhan gizi anak. HAKLI juga mendorong pemanfaatan limbah rumah tangga melalui konsep bank sampah dan pengomposan, yang dapat memberikan nilai tambah bagi ekonomi warga. Lingkungan yang bersih dan tertata rapi juga meningkatkan rasa bangga warga terhadap desanya, yang pada akhirnya dapat mendorong potensi wisata perdesaan di wilayah Bengkulu yang kaya akan keindahan alam.